به گزارش رجانیوز ، استعفای 14 شهریور سال 67 نخست‌وزیر دهه 60 آن‌قدر بر امام راحل که بارها از وی حمایت کرده بودند، گران آمد که رابطه امام با وی در سال آخر کاملاً سرد و متفاوت با گذشته بود.

بازخوانی متن استعفای مهندس موسوی و پاسخ امام (ره) به این استعفا اما می‌تواند روشنگر تعامل بی رودربایستی امام راحل با فردی باشد که همواره برای توجیه دوره و عملکرد خود از بنیان‌گذار فقید انقلاب اسلامی هزینه می‌کند.

نکته جالب این است که آنچنانکه امام در نامه خود تأکید می‌کنند موسوی در نوشتن این استعفانامه با رهبر انقلاب و رئیس‌جمهور وقت هیچ‌گونه هماهنگی نکرده است.

 نامه ی عتاب آمیز امام خمینی رحمة الله علیه به مهندس موسوی: 

« جناب آقای موسوی نخست‌وزیر محترم

 نامه‌ی استعفای شما باعث تعجب شد.

 حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید. در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند چه وقت گله و استعفا است. شما در سنگر نخست‌وزیری در چارچوب اسلام و قانون اساسی به خدمت خود ادامه دهید، در صورتی که نسبت به بعضی از وزرا به توافق نمی‌رسید چون گذشته عمل شود. این حق قانونی مجلس است که به هر وزیری که مایل بود، رأی دهد. تعزیرات از این پس در اختیار مجمع تشخیص مصلحت است که اگر صلاح بداند به هز میزان که مایل باشد، در اختیار دولت قرار خواهد داد. همه باید به خدا پناه ببریم و در مواقع عصبانیت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام از آن سوء استفاده کنند. مردم ما از این گونه مسائل در طول انقلاب زیاد دیده‌اند. این حرکات هیچ تأثیری در خطوط اصیل و اساسی انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت. از آنجا که من به شما علاقمندم، انشاءالله عندالملاقات مسائلی است که گوشزد می‌نمایم.

سید روح‌الله الموسوی الخمینی

15/6/67» 

زمان استعفای مهندس موسوی مصادف بود با پایان حمله مرصاد و آغاز گفتگوهای آتش بس بین ایران و عراق.

امام خمینی (ره) در حکمی دکتر علی اکبر ولایتی ( وزیر امور خارجه وقت ) را به عنوان نماینده جمهوری اسلامی در مذاکرات آتش بس بین ایران و عراق تعیین کردند و دکتر ولایتی به سرعت عازم نیویورک شد.

استعفای میرحسین موسوی همزمان با صبح اولین روز این مذاکرات بود. تاثیرات این استعفا در مذاکرات ، بعدها توسط دکتر ولایتی بسیار ناگوار و خورد کننده عنوان شد.